在SinoDB数据库的一个实例中，存在多个数据库，分为系统数据库和用户数据库。系统数据库在实例初始化时自动创建，存放实例级别上的监控信息、数据字典信息，用户能够访问而不能修改这些数据。用户数据库由用户根据需要创建，存放用户数据以及和该数据库有关的数据字典信息。SinoDB数据库服务器主要有以下系统数据库：
sysmaster
数据库服务器在初始化磁盘空间时创建sysmaster数据库，数据库服务器还会在转换和还原时重建 sysmaster 数据库。sysmaster 数据库包含系统监视接口（SMI）表。SMI 表提供有关数据库服务器状态的信息，可以通过查询这些表以识别处理瓶颈、确定资源使用状况、跟踪会话或数据库服务器活动等等。
sysutils
数据库服务器将在磁盘初始化、转换或还原期间删除并重新创建 sysutils 数据库。ON-Bar 将在 sysutils 数据库中存储备份与还原信息。该数据库创建完成后，在消息日志中会显示消息 sysutils database built successfully信息。
sysuser
数据库服务器将在初始化期间创建 sysuser 数据库。sysuser 数据库用于 SinoDB服务器与服务器通信中的可插式认证模块 (PAM) 认证。
sysadmin
数据库服务器在初始化磁盘空间时创建sysadmin 数据库。sysadmin 数据库提供 SinoDB中的远程管理与调度程序 API 功能组件。
syscdr
在使用 Enterprise Replication 功能组件时才创建syscdr数据库。在syscdr库的表中存储包含一致性检查和同步操作的进度信息。